Les premiers commandos de l'histoire sont britanniques. Ils voient le jour au début de la Seconde Guerre Mondiale ; volontaires de la Royal Navy, ils reçoivent un entraînement spécifique en vue d'exécuter des petits raids dans les territoires occupés.
Comme toute armée privée, les commandos provoquent quelques jalousies :ce n'est qu'au terme d'une longue lutte qu'ils obtiendront le droit de porter le aujourd'hui légendaire béret vert et l'insigne des opérations interarmées.
Au début ils n'ont pas de statut officiel. Leur nom vient des Commandos Boers, adversaires en Afrique du Sud de Churchill, celui-ci fut durant toute le guerre le défenseur acharné de ces unités.
Leur titre officiel à partir de Juillet 1940 (brigades de services spéciales) est mal perçu à cause des initiales SS (que d'autres déformeront en « Suicide Squads » - « Pelotons suicidaires »).
L'unité de commando a la valeur théorique d'un bataillon de faible importance : environ 400 hommes répartis dans 4 brigades et 1 d'armes lourdes. En réalité elles sont très diversement constituées et organisées.
En 1943, il y a 12 commandos séparés, dont le commando n°10 (interallié) composé de 1 brigade française, 1 hollandaise, 3 belges, 1 norvégienne, 1 polonaise et 1 brigade de transfuges comprenant des Allemands.
En Mai 1941, le Quartier-maître Philippe Kieffer obtient de l'amiral Muselier de confier aux Britanniques l'entraînement et l'emploi d'un groupe de volontaires français pour assumer ce genre de missions. Le premier groupe qui vient s'entraîner dans les bases anglaises prend le nom de compagnie de fusiliers marins et est affecté au deuxième commando Britannique, célèbre pour son raid sur Saint-Nazaire.. C'est là que prit racine cette profonde camaraderie et l'esprit de corps qui unit ces hommes encore aujourd'hui. La compagnie est affecté au numéro 2 commando après un stage à Achnaccary (fin mai 1942). Elle reste compagnie de fusiliers marins commandos et ne prendra officiellement le nom de première compagnie fusiliers marins commandos que le 12 novembre 1942 (note 952 F.N.F.L.).
Philippe Kieffer est alors enseigne de vaisseau de 1ère classe et sera nommé lieutenant de vaisseau le 1er juillet 1942.
Des hommes de la 1ère Compagnie du Bataillon de Fusiliers-Marins Commandos prennent part au raid du 19 août 1942 sur Dieppe.
En 1943, la troupe française, portée à l'effectif de deux Compagnies, est affectée à l'exécution de quelques raids nocturnes sur les côtes françaises occupées, en petits groupes, dans le cadre de la préparation au débarquement.
En 1944 les efforts de Kieffer sont définitivement récompensés. Le 1er BFM Commando est rattaché à l'un des plus glorieux commandos anglais, le N° 4 (lieutenant-colonel Dawson), au sein de la 1ère Brigade (Brigadier General Lord Lovat). Les 177 hommes que Kieffer avait réunis et entraînés, allaient être les premiers Français à débarquer pour libérer la France.
Le 6 juin, les "Bérets verts" prennent pied à Ouistreham ; puis à Benouville, Amfreville, Bavant.
Blessé le 6 juin, refusant de se laisser évacuer pendant deux jours, Kieffer retrouve son unité le 14 juin, au moment où elle allait percer vers la Seine et Honfleur. Décidé à entrer à Paris avec les premiers, il prend une jeep, deux hommes, et fonce vers la capitale, à travers la Normandie à peine libérée. Il fut le premier à entrer à Paris par Saint-Cloud ; quelques jours plus tard il avait la fierté d'y faire défiler son unité.
En octobre 1944, le capitaine de corvette Kieffer, avec son bataillon - porté à l'effectif de trois compagnies - conduit son unité à l'attaque de Flessingue et de Walcheren, clé du port d'Anvers. Puis il participe à des raids sur les îles hollandaises occupées, toujours avec le N° 4 Commando Britannique.
A la sortie de la guerre, la réorganisation des armée ne rend pas prioritaire ces unités particulières, fussent-elles glorieuses, mais Kieffer réussit, avant sa démobilisation à créer une Ecole de Fusiliers Marins Commandos au Centre Sirocco prés d'Alger.
Le 1er Bataillon de Fusiliers Marins Commandos est dissous en mai 1945, alors qu'entre-temps, le commandant Ponchardier avait mis sur pied en Extrême-Orient le "Commando Parachutiste de l'Aéronautique Navale" ensuite dénommé "Special Air Service Bataillon (SASB)". Celui-ci fut à son tour dissous en septembre 1946 mais, dès mai 1947, la création des commandos Jaubert et François allait jeter les bases du concept de commando-marine tel qu'on le connaît encore aujourd'hui.
C'est en décembre 1947 qu'est formé le Commando Hubert avec un modèle calqué sur l'organisation des troops britanniques -75 hommes tous brevetés commandos et parachutistes. A cette époque, la Marine nationale alignait un total de six commandos, soit les cinq commandos actuels plus le commando François ; celui-ci fut dissous en mai 1953. De 1963 à 1971, les commandos furent transformés en compagnies et la compagnie issue du commando De Montfort fut dissoute puis recréée. Les commandos reprirent leurs dénominations traditionnelles respectives en 1971.
Aujourd'hui les Commandos Marine sont divisés en 5 commandos dont les noms sont ceux de certains des nombreux héros des commandos Marine mort pendant la seconde guerre mondiale ou en Indochine : Trepel, Monfort , Jaubert, De Penfenteyo et Hubert.
La section B de ce dernier participe essentiellement à l'ECMC (Escouade de Combat en Milieu Clos)-(ex-GCMC) avec le GIGN (Groupe d'Intervention de la Gendarmerie Nationale)-(appellé autrefois groupe Berteau).
Ses commandos ont été crée pour répondre à des demandes d'actions en milieu maritime, soit par des assauts nautiques soit pour des débarquements sur plages par le biais de nageurs de combat ou des sous-marins.
Déployés régulièrement sur la plupart des théâtres dans le contexte des opérations spéciales, les commandos marine sont particulièrement entraînés :
- aux reconnaissances tactiques préalables aux opérations militaires
- à la protection ou à l'évacuation de ressortissants
- aux actions de destruction et de sabotage.
Ses fusiliers marins commandos regroupent au total à peu près 1700 hommes. Leurs missions sont à 80% réalisées pour le Commandement des Opérations Spéciales (COS). Le reste de leurs missions sont faites au profit des départements par exemple pour la protection des frontières maritimes ou pour des actions en Etat de mer.Ils peuvent dans ce dernier cas protéger des navires français leur de leur traverser ou alors convoyer des embarcations suspectes hors du territoire français. Ils doivent aussi protéger le territoire halieutique, qui est réservé à la marine marchande française.L'Etat major des commandos-marine porte le nom de FORFUSCO ( force maritime des fusiliers marins et commandos ) qui constitue la quatrième force organique de la marine. Le FORFUSCO est le correspondant du COS (Commandement des Opérations Spéciales) pour la Marine et est le représentant permanent de l'état-major de la Marine auprès de la commission interarmées d'études pratiques concernant les opérations spéciales (CIEPCOS).
De nos jours les commandos-marine sont les unités françaises le plus souvent déployées sur les terrains militaires au cours de opérations menées par l'armée nationale. Les fameux bérets verts peuvent ainsi montrer leur capacité d'intervention et leur savoir-faire.
Leur entraînement n'a pas changé depuis Kieffer, il est aujourd'hui réputé comme l'un des plus durs au Monde.